להסתדרות האחיות מבנה חטיבתי, הכולל ארבע חטיבות מקצועיות כדלקמן:

חטיבת אחיות בתי-חולים  - כוללת אחים ואחיות המועסקים בבתי החולים הכלליים, גריאטריים ופסיכיאטריים.

חטיבת המרפאות בקהילה – כוללת אחים ואחיות המועסקים במרפאות קופות החולים  בעבודה משולבת בהתיישבות העובדת.

חטיבת  בריאות   הציבור - כוללת אחים ואחיות המועסקים בבריאות הציבור, (לדוג' טיפות חלב, בבתי-הספר, בלשכות הבריאות), במניעה ובמחלות מתפרצות או מדבקות.

חטיבת החינוך -  כוללת אחים ואחיות המועסקים והמלמדים בבתי-הספר לאחיות.

המבנה החטיבתי נועד לאפשר ייצוג עמדת האחים והאחיות המשתייכים לחטיבה, בכל עניין שיש בו ייחודיות לחבריה מול המעסיקים ולטפל בבעיות הפרט של חבריה.